http://www.tokyo-np.co.jp/article/politics/news/CK2014091002000249.html
http://megalodon.jp/2014-0910-1531-26/www.tokyo-np.co.jp/article/politics/news/CK2014091002000249.html
具体的には「特定秘密の指定基準が広範・不明瞭で、時の政権によって恣意（しい）的な運用が可能」「『その他の』『原則として』というあいまいな基準は認めない」など指定の拡大に対する懸念や、「指定期間を終えたら全て公開すべきだ」といった政府が永久に秘密にし続ける恐れがあることへの批判があった。
官僚がメンバーとなる監視機関の独立性や権限の強化を求める意見や、不当な秘密指定に対する内部通報制度が有効に機能しないのではと疑問視する指摘もあった。
これに対し、政府は運用基準素案の一部修正で、法施行後五年後、必要があれば基準を見直し公表することを追加。留意点として「国民の知る権利は、民主主義社会のあり方と結び付いたものとして十分尊重されるべきだ」といった記述も加えたが、いずれも微修正にとどまった。
政府は諮問会議の意見を踏まえ、運用基準と政令を十月上旬に閣議決定し、特定秘密保護法を公布後一年となる十二月十二日までに施行する方針だ。
